파라핀포매 미세해부조직에서 Degenerate Oligonucleotide Primed PCR을 이용한 Allelic Imbalance 분석
Feasibility of Degenerate Oligonucleotide Primed PCR for Analyzing Allelic Imbalance in Microdissected Paraffin Embedded Tissue
구강과학- 전남대학교 2001년 13권 1호 p.92 ~ 106
소속 상세정보
Jung, Soong-Rhyong/정승룡
Kim, Sun-Hun/Ryu, Sun-Youl/김선헌/유선열
KMID : 0988420010130010092
Abstract
인간의 유전자에서 degenerate oligonucleotide primed PCR (DOP PCR)에 이용되는 시발체가 반응하는 부위의 분포는 알려져 있지 않고 따라서 DOP PCR을 통해 모든 유전자 부위가 일정하게 증폭되는지 여부는 확실하지 않다. 신선한 인간 DNA를 이용한 genotyping 연구에서 DOP PCR이 유전자의 특정 부위를 선택적으로 결손 또는 증폭시키지 않는 것으로 보고된 바 있으나, 파라핀에 포매되어 부분적으로 손상된 DNA를 이요한 DOP PCR의 유전자의 재혀성에 관한 체계적 연구는 없다. 본 연구는 파라핀 포매된 조직에서 얻은 DNA를 이용하여 DOP PCR 반응산물의 크기는 2 kb에 달하였으나 구명하여 다음과 같은 결과를 얻었다.
신선한 DNA에서 DOP PCR 반응산물의 크기는 2 kb에서 달하였으나 파라핀 포매 조직에서 얻은 DNA에서는 500 bp 이하였다. DOP PCR 증폭하지 않은 정상 DNA와 DOP PCR 증폭을 한 정상 DNA를 이용한 hybridiazation 결과 전체 유전자의 비율은 모든 염색체에서 정상 범위 내에 존재하였다. 또한 DOP PCR 증폭을 한 두 종류의 정상 DNA간의 hybridization 결과에서도 두 유전자의 비율은 정상 범위내에 있었다. 본 연구에 이용된 대부분의 microsatellite CA repeats는 DOP PCR에 의하여 증폭된 DNA로부터 염기서열에 관계없이 증폭되었고, DOP PCR에 의한 DNA의 두 allele의 비는 DOP PCR을 하지 않은 DNA 의 allele 비를 유지하였다. 또한 종양조직의 allelic imbalance는 미세해부후 DOP PCR을 시행한 조직에서 결정할 수 있었다.
이상의 결과는 DOP PCR을 이용하여 allelic imbalnce를 연구할 수 있는 가능성을 제시하며 따라서 파라핀 조직에서 얻은 DNA를 이용한 DOP PCR을 통하여 형태학적 연구 및 역행성 연구가 가능하리라 사료된다.
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